NGS (Next Generation Sequencing) Service |
(주)테라젠바이오를 통해 High-quality NGS data를 만나실 수 있습니다.
NGS란?
- 생명체가 가지고 있는 염기서열 전체를 한꺼번에 분석하는 실험기법입니다.
- 수많은 유전자가 동시에 관여하는 세포 내 mechanism에 대하여 정확하게 알기 위해서 NGS 실험을 진행합니다.
| 1. 상담 및 견적 | - 실험하고자 하시는 목적 및 sample type 등에 대하여 다윈바이오 학술마케팅팀으로 문의
- 상세 상담 진행 후 견적 발송 |
| 2. 주문서 작성 | - NGS 실험 진행 전, sample 정보가 기재된 주문서를 작성하여 접수
- 주문서 내용에 대한 확인 후 접수 진행 |
| 3. Sample 배송 | - 분석하고자 하는 sample을 택배발송 |
| 4. NGS 실험 진행 | - 보내주신 sample은 테라젠바이오에서 NGS 실험 및 분석 진행 |
| 5. 실험결과 안내 | - 분석결과 및 data 발송 (sample 접수 후 약 4주 소요) |
NGS Service list
1. Transcriptome Sequencing
Application | 분석 목적 | Analysis | Sample required |
|---|
| Total/mRNA-seq | - Sample 내 유전자 발현 패턴을 확인
- 생물학적 변화를 모두 포착할 수 있는 유전자 수준에서의 광범위한 데이터 확보 | - Reference building(Ensemble)
- Differential expression gene
- TimeSeries analysis*
- GO & GSEA analysis* | 0.1 ~ 1 ug Total RNA |
| Small RNA-seq | - 다양한 생물학적 과정을 조절하는 non-coding RNA 동정
- miRNA, lncRNA, etc | - Reference building (miRBase)
- Variant calling
- Discovery of novel miRNAs
- Differential expression miRNA*
- Target mRNA prediction*
- miRNA-mRNA integration | >1 ug Total RNA (최소 0.1ug) |
Isoform-seq
(De novo) | - Reference genome이 없는 종에 대한 full transcript data 확보 | - Isoform clustering
- CDS prediction
- Functional annotation
- Differential expression gene* | >3 ug Total RNA (최소 1 ug) |
Low-input
RNA-seq | - RNA 양이 적어서 일반 mRNA-seq 진행이 어려운 경우 | - Reference building(Ensemble)
- Differential expression gene
- TimeSeries analysis*
- GO & GSEA analysis* | >20 ng Total RNA (최소 250 pg)
|
2. DNA sequencing
| Application | 분석 목적 | Analysis | Sample required |
|---|
Whole genome
re-sequencing | Reference genome을 활용한 다양한 유전변이 분석 | - Mapping & Variant annotation
- Copy number variation (CNV)
- Structural variation (SV)
- Integration site analysis | >500 ng DNA (최소 100 ng) |
| Whole exome sequencing | 단백질을 직접 coding하는 exome 영역에 대해서 높은 depth로 돌연변이 관련 data를 확보 | - Mapping + BQSR, VQSR
- Variant annotation
- Oncoplot* |
| Targeted sequencing | Target 유전자 및 유전체상 영역이 명확한 경우 초고해상도로 변이 분석 data 확보 | - Mapping & Variant annotation
- Genomic rearrangement
- Tumor mutation burden (TMB)
- Microsatellite instability (MSI) | >700 ng DNA
(최소 500 ng) |
Whole genome
de novo sequencing | 전체 염기서열이 해독되지 않은 생명체에 대한 유전체 정보 구축 | - De novo Assembly
- Taxonomy assignment
- Genome prediction & annotation | >2 ug DNA (최소 500 ng) |
3. Epigenome sequencing
| Application | 분석 목적 | Analysis | Sample required |
|---|
ChIP-seq | 전사인자의 DNA 결합부위 확인 |
| >50 ng IP DNA |
Targeted Methyl-seq | CpG island, promoter region 등의 영역에 대한 methylation 패턴 분석 | - Alignment & Methylation calling
- Methylation pattern analysis
- Differential Methylated Region (DMR) | >3 ug DNA
(최소 2 ug) |
Bisulfite sequencing | Whole genome 상에 존재하는 cytosine의 methylation 패턴을 전체적으로 연구 | - All cytosine context (CpG, CHG, CHH)
- Methylation calling for all context
- Differential Methylation Region (DMR)
- Methylation pattern analysis
(Upstream, Genebody, Downstream) |
4. Metagenome sequencing
| Application | 분석 목적 | Analysis | Sample required |
|---|
Amplicon-seq | 16s rRNA의 V3-V4, ITS region과 같이 연구자가 target하는 부위만 특이적으로 증폭 | - Taxonomy classification
- Diversity statistics
(alpha/beta diversity)
- Taxonomy abundance table
- Functional prediction
- Network analysis | >100 ng DNA
(최소 10 ng) |
Full-length 16s rRNA-seq | 16s rRNA 영역에서 1.5 Kbp의 long read를 해독하여 종 수준에서 높은 정확도로 profiling 결과 확인 |
Shotgun-seq | 복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출 | - Genome assembly & annotation
- Taxonomy classification
(Species level)
- Classification of COG annotation | >10 ug DNA
(최소 5 ug) |
5. Single-cell analysis
| Application | 분석 목적 | Analysis | Sample required |
|---|
Single cell RNA-seq | 단일 세포에서의 유전자 발현량 확인 | - T-SNE
- Heatmap
- Phylogenetic tree
- 10x genomics report | >10^5 single cell
Tissue : 별도 문의
(Dissociation 서비스) |
Single cell nucleus RNA-seq | Single cell 분리가 어려운 sample에서 유전자 발현량 확인 |
Single cell TcR/BcR profiling | 단일 세포 레벨에서 clonetype 분석 |
6. Spatial transcriptome
| Application | 분석 목적 | Analysis | Sample required |
|---|
10x Visium HD | - Spot 기반의 공간 전사체 분석
- 세포 타입별 발현 패턴 확인
- 조직 영역별 시각화
- 세포 간 상호작용
| - Space Ranger
- 10x Loupe browser용 file | 별도 문의 |
홈페이지 바로가기
NGS 서비스 문의 Tel. 031-728-3238 E-mail. technical@dawinbio.com 카카오톡 플러스친구 ID: abcam
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- 생명체가 가지고 있는 염기서열 전체를 한꺼번에 분석하는 실험기법입니다.
- 수많은 유전자가 동시에 관여하는 세포 내 mechanism에 대하여 정확하게 알기 위해서 NGS 실험을 진행합니다.
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- 주문서 내용에 대한 확인 후 접수 진행
NGS Service list
1. Transcriptome Sequencing
- 생물학적 변화를 모두 포착할 수 있는 유전자 수준에서의 광범위한 데이터 확보
- Differential expression gene
- TimeSeries analysis*
- GO & GSEA analysis*
- miRNA, lncRNA, etc
- Variant calling
- Discovery of novel miRNAs
- Differential expression miRNA*
- Target mRNA prediction*
- miRNA-mRNA integration
(De novo)
- CDS prediction
- Functional annotation
- Differential expression gene*
RNA-seq
- Differential expression gene
- TimeSeries analysis*
- GO & GSEA analysis*
2. DNA sequencing
re-sequencing
- Copy number variation (CNV)
- Structural variation (SV)
- Integration site analysis
- Variant annotation
- Oncoplot*
- Genomic rearrangement
- Tumor mutation burden (TMB)
- Microsatellite instability (MSI)
(최소 500 ng)
de novo sequencing
- Taxonomy assignment
- Genome prediction & annotation
3. Epigenome sequencing
- Methylation pattern analysis
- Differential Methylated Region (DMR)
(최소 2 ug)
- Methylation calling for all context
- Differential Methylation Region (DMR)
- Methylation pattern analysis
(Upstream, Genebody, Downstream)
4. Metagenome sequencing
- Diversity statistics
(alpha/beta diversity)
- Taxonomy abundance table
- Functional prediction
- Network analysis
(최소 10 ng)
- Taxonomy classification
(Species level)
- Classification of COG annotation
(최소 5 ug)
5. Single-cell analysis
- Heatmap
- Phylogenetic tree
- 10x genomics report
Tissue : 별도 문의
(Dissociation 서비스)
6. Spatial transcriptome
- 세포 타입별 발현 패턴 확인
- 조직 영역별 시각화
- 세포 간 상호작용
- 10x Loupe browser용 file
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