[ 테라젠바이오 ]2024년도부터 NGS 분석은 테라젠바이오와 함께합니다!

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NGS (Next Generation Sequencing) Service


(주)테라젠바이오를 통해 High-quality NGS data를 만나실 수 있습니다.


NGS란?

- 생명체가 가지고 있는 염기서열 전체를 한꺼번에 분석하는 실험기법입니다.

- 수많은 유전자가 동시에 관여하는 세포 내 mechanism에 대하여 정확하게 알기 위해서 NGS 실험을 진행합니다.

1. 상담 및 견적- 실험하고자 하시는 목적 및 sample type 등에 대하여 다윈바이오 학술마케팅팀으로 문의
- 상세 상담 진행 후 견적 발송
2. 주문서 작성- NGS 실험 진행 전, sample 정보가 기재된 주문서를 작성하여 접수
- 주문서 내용에 대한 확인 후 접수 진행
3. Sample 배송- 분석하고자 하는 sample을 택배발송
4. NGS 실험 진행- 보내주신 sample은 테라젠바이오에서 NGS 실험 및 분석 진행
5. 실험결과 안내- 분석결과 및 data 발송 (sample 접수 후 약 4주 소요)




NGS Service list 

1. Transcriptome Sequencing

Application
분석 목적
AnalysisSample required
Total/mRNA-seq- Sample 내 유전자 발현 패턴을 확인
- 생물학적 변화를 모두 포착할 수 있는 유전자 수준에서의 광범위한 데이터 확보
- Reference building(Ensemble)
- Differential expression gene
- TimeSeries analysis*
- GO & GSEA analysis*
0.1 ~ 1 ug Total RNA
Small RNA-seq- 다양한 생물학적 과정을 조절하는 non-coding RNA 동정
- miRNA, lncRNA, etc
- Reference building (miRBase)
- Variant calling
- Discovery of novel miRNAs
- Differential expression miRNA*
- Target mRNA prediction*
- miRNA-mRNA integration
>1 ug Total RNA
(최소 0.1ug)
Isoform-seq
(De novo)
- Reference genome이 없는 종에 대한 full transcript data 확보- Isoform clustering
- CDS prediction
- Functional annotation
- Differential expression gene*
>3 ug Total RNA
(최소 1 ug)


2. DNA sequencing

Application분석 목적AnalysisSample required
Whole genome
re-sequencing
Reference genome을 활용한 다양한 유전변이 분석- Mapping & Variant annotation
- Copy number variation (CNV)
- Structural variation (SV)
- Integration site analysis
>500 ng DNA
(최소 100 ng)
Whole exome sequencing단백질을 직접 coding하는 exome 영역에 대해서 높은 depth로 돌연변이 관련 data를 확보- Mapping + BQSR, VQSR
- Variant annotation
- Oncoplot*
Targeted sequencingTarget 유전자 및 유전체상 영역이 명확한 경우 초고해상도로 변이 분석 data 확보- Mapping & Variant annotation
- Genomic rearrangement
- Tumor mutation burden (TMB)
- Microsatellite instability (MSI)
>700 ng DNA
(최소 500 ng)
Whole genome
de novo sequencing
전체 염기서열이 해독되지 않은 생명체에 대한 유전체 정보 구축- De novo Assembly
- Taxonomy assignment
- Genome prediction & annotation
>2 ug DNA
(최소 500 ng)


3. Epigenome sequencing

Application분석 목적AnalysisSample required
ChIP-seq
전사인자의 DNA 결합부위 확인
>50 ng IP DNA
Targeted Methyl-seq
CpG island, promoter region 등의 영역에 대한 methylation 패턴 분석- Alignment & Methylation calling
- Methylation pattern analysis
- Differential Methylated Region (DMR)
>3 ug DNA
(최소 2 ug)
Bisulfite sequencing
Whole genome 상에 존재하는 cytosine의 methylation 패턴을 전체적으로 연구- All cytosine context (CpG, CHG, CHH)
- Methylation calling for all context
- Differential Methylation Region (DMR)
- Methylation pattern analysis
(Upstream, Genebody, Downstream)


4. Metagenome sequencing

Application분석 목적AnalysisSample required
Amplicon-seq
16s rRNA의 V3-V4, ITS region과 같이 연구자가 target하는 부위만 특이적으로 증폭- Taxonomy classification
- Diversity statistics (alpha/beta diversity)
- Taxonomy abundance table
- Functional prediction
- Network analysis
>100 ng DNA
(최소 10 ng)
Full-length 16s rRNA-seq
16s rRNA 영역에서 1.5 Kbp의 long read를 해독하여 종 수준에서 높은 정확도로 profiling 결과 확인
Shotgun-seq
복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출- Genome assembly & annotation
- Taxonomy classification (Species level)
- Classification of COG annotation
>10 ug DNA
(최소 5 ug)


5. Single-cell analysis

Application분석 목적AnalysisSample required
Single cell RNA-seq
단일 세포에서의 유전자 발현량 확인- T-SNE
- Heatmap
- Phylogenetic tree
- 10x genomics report
>10^5 single cell

Tissue : 별도 문의
(Dissociation 서비스)
Single cell nucleus RNA-seq
Single cell 분리가 어려운 sample에서 유전자 발현량 확인
Single cell TcR/BcR profiling
단일 세포 레벨에서 clonetype 분석



6. Spatial transcriptome

Application분석 목적AnalysisSample required
GeoMx
- 단일 세포 분석 시 조직 위치 정보를 파악
- 특정 위치에서 발현되는 유전체 및 세포의 특성 확인
- 세포 간의 상호작용 분석

- GeoMx Whole transcriptome Atlas RNA (WTA)
- GeoMx Cancer transcriptome Atlas RNA (CTA)
- Expression dataset
- Differential expression genes
- Statistical test
- Survival curve
- GO analysis & GSEA
FFPE slide 5장 이상
(5um depth)


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